Direnişin üzerinden geçen 6 koca yıl... Mutantlar ve insanlar arasındaki muazzam düzen, hiç bozulmayacakmış gibi görünmekte... Karanlık, yavaş yavaş kendisini gösterirken, dağalmış X-men ekibi yeni üyeleriyle tekrar sahneye çıkıyor... Daylight Walkers'ın ortaya çıkışı, Brotherhood of Mutants'ın tekrar doğuşuyla, işler daha da zorlaşmış olsa bile, X-men ekibini ve tüm insanlığı tehdit eden karanlık yavaş yavaş ve sinsice büyümekte... Ekibin içindeki kopukluk, romantizm, kargaşa, ölümler ve 6 yıl öncekinden bile daha büyük bir savaş.